Sông Niger có dòng chảy bất thường so với bất kỳ sông lớn nào trên thế giới, nó có hình giống boomerang làm cho các nhà địa lý châu Âu bối rối trong hai thế kỷ. Thượng nguồn của nó cách bờ biển Đại Tây Dương chỉ 240 km, nhưng dòng sông chảy ngược về phía đất liền theo hướng về sa mạc Sahara, sau đó vòng 90 độ sang phải gần thành phố cổ Timbuktu (Tombouctou) và thẳng tiến về phía đông nam đến vịnh Guinea.

Yếu tố địa lý lạ này có thể là do sông Niger từng do hai con sông cổ nối vào nhau, phần sông Niger nằm cao hơn ở phía tây của Timbuktu đến khúc uốn cong của sông hiện tại ở gần Timbuktu, phần còn sót lại hiện là một hồ không ở đông-đông bắc của Timbuktu, trong khi phần sông Niger nằm thấp hơn đã từng bắt đầu từ phía nam của Timbuktu và chảy về phía nam vào vịnh Guinea. Theo thời gian, xâm thực về phía thượng nguồn của sông Niger thấp hơn gây ra sự cướp dòng hay đoạt dòng sông Niger nằm cao hơn.[6]

Phần phía bắc của dòng sông được gọi là Niger bend, là một khi vực quan trọng bởi vì nó là sông chính và là nguồn cung cấp nước cho một phần của sa mạc Sahara. Điều này làm cho nó là điểm tập trung của các tuyến thương mại qua vùng tây Sahara, và là trung tâm của vương quốc Sahelian của Mali và Gao.

Xung quanh lưu vực sông Niger là một trong những phần địa lý riêng việt của tỉnh Sudan, vùng này lại là một phần của vùng địa lý riêng biệt khối châu Phi.